Jusqu’au début du XIIème siècle, le Chapitre de Fréjus, composé de 12 chanoines et dirigé par un prévôt reste sous la tutelle étroite de l’évêque dont il partage à la fois les revenus et le logement. Après des désaccords, un arbitrage sépare les biens des deux partenaires. C’est à la suite de cela que les chanoines choisissent de s’installer au nord de la cathédrale et c’est à cette époque que sont aménagées les galeries du Cloître. Il servait de parvis à la Cathédrale. Dans le mur oriental de la galerie on remarque la trace de la porte médiévale de la Cathédrale ; elle est aujourd’hui murée ainsi que l’oculus qui la surmonte.

Au rez-de-chaussée des colonnettes doubles de marbre reçoivent la retombée des arcs brisés. Colonnettes en marbre de Carrare, taillées dans l’ancien podium de l’Amphithéâtre, ou colonnes en marbre de Gênes, ville qui entretenait des rapports commerciaux intenses avec Fréjus. Ces chapiteaux présentent une version simplifiée du classique chapiteau corinthien. Au sud une salle capitulaire établie au-dessus du vestibule de la Cathédrale accueillait les chanoines lors de leurs délibérations.

Une voûte en pierre était prévue pour couvrir les galeries. Quelques traces d’ancrages sont encore visibles. Certainement trop lourde, elle fût remplacée au milieu du XIVème siècle (1350) par une charpente de mélèze, apprécié pour sa plasticité et réputé imputrescible, de la forêt de Boscodon dans les Hautes-Alpes. Chacun des caissons de cette charpente a reçu un décor peint. La présence de la fleur de Lys, sur un des caissons, ne peut être antérieure à 1246, date à laquelle Charles 1er d’Anjou, frère de Saint-Louis, devient Comte de Provence.1200 caissons peints dans les 4 galeries du Cloître, ont été réalisé. Actuellement 400 sont encore visibles. Les thèmes en sont variés : des êtres hybrides, des monstres, des Saints, des bustes, des scènes de la vie quotidienne, des ecclésiastiques…Cet ensemble est un exemple exceptionnel de décor peint du XIVème siècle, unique dans un Cloître en France.

La maison du Prévôt se trouvait à l’est du Cloître, au 1er étage. Cette façade occidentale nous montre un mur en appareil à bossage analogue à celui du clocher et du chevet de la Cathédrale. Au centre, une porte en arc brisé est abritée par un assommoir, sorte d’ouverture en hauteur qui permettait de jeter des pierres sur l’ennemi qui approchait.

L’étage, très mutilé, a beaucoup souffert pendant la révolution française. Vendu comme bien national, le Cloître est alors totalement parasité par de nouvelles constructions puis sera classé aux Monuments Historiques en 1875. C’est alors que le Cloître et le vieux puit, qui donne sur une ancienne citerne romaine, seront restaurés par Jules-Camille Formigé, architecte en chef des Monuments Historiques, entre 1922 et 1931, ainsi que le double escalier allant à l’étage.

La restitution de la toiture des galeries est, ouest et sud s’est progressivement imposée comme indispensable pour redonner au monument son volume, mais plus encore pour garantir la conservation du décor peint de son plafond en bois. Ces travaux ont été réalisés en 2008 selon les projets dressés par l’architecte Francesco Flavigny.